Funkcjonują dwa identyfikatory podatkowe: NIP i PESEL i to, jakiem powinien posługiwać się podatnik zależy od jego statusu podatkowo-ewidencyjnego. Osoby fizyczne objęte rejestrem PESEL, nieprowadzące działalności gospodarczej, niezarejestrowane jako podatnicy VAT, niebędący płatnikami podatku lub składek ZUS stosują numer PESEL. Pozostali muszą posługiwać się NIP.

Praktyka pokazuje jednak, że nie zawsze wybór identyfikatora podatkowego jest oczywisty i zdarzają się pomyłki. Osoby, które zobowiązane są do posługiwania się NIP mogą zostać ukarane za podanie zamiast niego numeru PESEL. Kwestię tą porusza art. 81 § 1 pkt 3 Kodeksu karnego skarbowego, który mówi, że niepodanie przez podatnika numeru identyfikacji podatkowej lub podanie numeru nieprawdziwego jest wykroczeniem skarbowym. Grozi za nie grzywna od 150 do 30 tys. złotych. Na tego typu sankcje nie naraża się osoba, która poda NIP, mimo że jej identyfikatorem podatkowym jest PESEL.

Zdaniem Ministerstwa Finansów urzędnicy powinni odnosić się do tego typu uchybień jak do pomyłek, a nie wykroczeń skarbowych. Resort podkreślił, że intencją organów podatkowych nie jest karanie, lecz dbałość o jakość danych oraz prawidłową identyfikację podatników. Powinno mieć to kluczowe znaczenie przy podejmowaniu ewentualnych działań przez urzędników.